在支出部分，《中国教育经费统计年鉴》主要是按照支出费用的功能来进行分类的。与收入分类类似，在《政府收支分类科目》改革后，支出的分类也发生了较大的变化。
表5-3 2005年我国教育经费支出分类
表5-4 2008年我国教育经费支出分类
表5-5 2015年我国教育经费支出分类
表5-3、表5-4、表5-5分别是2005年、2008年与2015年《中国教育经费统计年鉴》中对教育经费支出的分类方式，从中能够看出我国教育支出的分类方式也在不断发生变化，这意味着从支出的角度对教育投资进行面板数据分析也成为不可能。
同时，从教育投资的定义可以得知，教育投资实际上是一个国家用于教育事业发展的全部投入的货币化表现。而在我国的教育经费统计中，无论是收入统计还是支出统计都没有将发生在教育机构外的费用，即私人用于教育的支出（除学费外）统计进来，这使得我国在统计教育投资时存在巨大的缺失，并且无法计算私人在教育上的投资水平。
