由于战事影响，三校的实验仪器或者无法长途运送，或损失严重，致使联大理科的实验设备相对缺乏。但联大还是多方筹集经费，从国外购买了少量仪器，或者自制仪器，基本满足了教学的需要，这在当时已是很不容易。生物学系建设了生理实验室，航空学系还建设了实验设备风洞。
无论怎样，联大利用有限的条件，坚持了实验教学的不中断。联大某些系还坚持带领学生进行野外实习，其中最有影响的是由曾昭抡教授率领、由10人组成的“西康科学考察团”,他们步行考察了大凉山彝区506华里，对沿途矿产资源进行了普查和核对，并记录了交通情况，为日后我国攀枝花矿区的探矿及开采提供了依据。
在教学的同时，联大教师还积极进行科研，也取得了不少成果，发表学术论文数以百计，有的成果达到了国际先进水平。生物学系沈同教授的有关余甘子(滇橄榄)的维生素C的研究成果，由英国访问学者李约瑟教授带到英国后，在英国著名的《自然》杂志第152期发表。1944年，美国副总统华莱士访问联大，参观了联大生物学系动物生理实验室，对生物学系评价很高。在1941—1945年教育部举办的五届学术评议活动中，联大教师获得7项自然科学方面的一等奖。
