19世纪七十年代末以后，保护关税、扩充军备和殖民扩张等一系列事务的需要，也提出了加强帝国政府权力的新要求。与这些要求相适应，帝国行政体制也“逐渐地呈现出中央集权而非联邦的特点”。其最明显的特征是帝国中央行政机构的扩大。起初，除了前普鲁士外交部这一负责外交事务的外交官厅外，帝国宰相办公厅是负责包括商业、财政、司法、铁路和邮政等全国内政事务的最高官厅。1872年普鲁士海军部被帝国接收，于1889年发展成为由国务秘书领导的帝国海军部（Kaiserliche Admiralitt） ，负责帝国海军事务。后来，帝国宰相办公厅主任德尔布吕克在俾斯麦的默许下，把归入帝国管理的各项任务都并入帝国宰相办公厅之下，结果形成了一个和帝国宪法中的联邦原则明显不相符的、权力高度集中的帝国官厅。
1876年6月，主张自由贸易的德尔布吕克与俾斯麦在保护关税政策上发生分歧，辞去帝国宰相办公厅主任的职务。俾斯麦随后试图将帝国政府和普鲁士政府合二为一，让普鲁士大臣领导相应的帝国各部门，以加强帝国政府的行政权力。1878年—1880年间，他通过帝国“国务秘书普鲁士化”等形式，对帝国与普鲁士之间的关系以及帝国行政管理部门的结构进行调整。1878年3月的“副职法”把帝国和普鲁士官员一身兼两职的办法延伸到帝国和普鲁士主要大臣的副职身上。例如，帝国副宰相同时又是普鲁士的副首相。后来俾斯麦又将帝国宰相办公厅分解成内政、司法、财政、邮政、铁路等帝国官厅，然后任命在普鲁士政府中拥有席位和表决权的国务大臣充当这些官厅的国务秘书。例如，帝国外交部国务秘书又是普鲁士国务大臣。俾斯麦下台之后，“国务秘书普鲁士化”模式在其后任手里得到了更有力的推行和落实。