1604年，匈牙利西本彪根信奉加尔文教的侯爵博奇卡伊·施蒂凡（Bocskai István，1557—1606）发动起义。次年，哈布斯堡家族其他有势力的家庭成员逼迫鲁道夫二世将管理匈牙利事务的权力交给了他的弟弟、时任下奥地利总督的马蒂亚斯（Matthias，1557—1619）。1606年，马蒂亚斯通过《维也纳和约》（Frieden von Wien）平息了匈牙利贵族的起义，但也作出了保证匈牙利福音教徒享有宗教自由的许诺。同年，马蒂亚斯又在作出巨大让步的情况下，同土耳其人签订了《席特瓦特罗克和约》（Frieden von Zsitvatorok），奥斯曼帝国苏丹继续占有匈牙利大片土地，仅仅承认皇帝是具有同等地位的君主。
鲁道夫二世不想就此罢休，甘拜下风，而是准备重新对土耳其人开战。马蒂亚斯在匈牙利贵族的支持下，将鲁道夫二世软禁在布拉格的城堡，并迫使他承认马蒂亚斯为哈布斯堡家族的实际首脑，享有对奥地利、匈牙利和克罗地亚的统治权。鲁道夫二世只保留了波希米亚王位和神圣罗马帝国帝位。而在波希米亚，鲁道夫二世也不得不顺应福音教等级的要求，确保其宗教自由和其他一些重要特权。他在1609年发布的《陛下诏书》（Majesttsbriefe）后来成为波希米亚福音教等级反抗哈布斯堡家族统治的重要依据之一。