全州降清以后，广西门户洞开。1648年（永历二年、顺治五年）正月，督师何腾蛟驻守兴安，发出檄文命令各将领抽调兵马赴该地堵截清军由全州南下。郝永忠派部下罗中军带领一千名骑兵前往兴安。二月初一日，清孔有德、耿仲明、尚可喜三王兵由湖南经广西全州向桂林推进。明督师何腾蛟惊慌失措，竟然在滇将胡一青等保护下临阵脱逃，郝永忠派出的骑兵在兴安陷入重围，城破后全部战死[94]。郝永忠接到报告后大为愤慨，坚决拒绝同守辅瞿式耜一道保卫桂林，主张奉永历帝向后方转移。二月二十一日深夜，得报清军已经进入严关，瞿式耜赶往行在（原靖江王府），见郝永忠、卢鼎、马吉翔、兵部尚书萧琦都聚集在司礼太监处商议，他叙述所见情况道：“臣聆永忠议论，则以人马挫折，意懒心灰，竟欲即刻整旅西行，绝无意于省城者。臣既以好语慰之，复以正言规之，而内凿不入。”接着，瞿式耜面见永历帝，“则暂避永福之圣意已定，臣竟无从插齿，只争起驾之时刻耳”。式耜力主镇定，指出即使清军已经到达兴安，督师何腾蛟应该有告急塘报，在没有接到准确消息以前不宜轻易移跸。“若以走为上策，桂愈危，柳又不危乎？今日可到桂，明日独不可到南、太乎？”朱由榔回答道：“卿不过欲朕死社稷耳。”[95]后来瞿式耜在奏疏中也追叙了当时的情景：“皇上声色俱厉，谓今日事势，远过武、攸。尔等必欲留朕，两宫太后即烦尔等照管。”式耜不敢再说，随众退出。次日五鼓他又面见永历帝，奏言“圣驾即欲行，宜少从容，盖乱兵乘驾发之后，必有一番抢攘。圣驾稍停，一可以救满城百姓，二可以救满朝百官”，朱由榔置之不理。瞿式耜出朝途中接到赵印选的奏疏和何腾蛟的书信，知道进入广西的清方兵力并不多，又再次入朝，以何腾蛟的书信为证，劝永历帝暂缓移跸。可是，朱由榔已如惊弓之鸟，吩咐左右立即准备撤离桂林。“随驾诸臣车马匆匆，有行色矣。”式耜的意见遭到永历帝的断然拒绝，“时天颜愈厉，天语愈严”，式耜只有叩头请死，含泪而出。二十二日上午，朱由榔和宫眷、随驾官员离开桂林。郝永忠等部明军士卒立即乘势抢夺官私财物，瞿式耜由于主张坚守桂林，拒不随驾，在一片混乱当中，他的家产也未能幸免。从他的奏疏看，郝永忠曾经派了两名官头到瞿家禁止抢劫，但是主力既已转移，禁令也难以贯彻，乱兵以索取犒赏为名，连瞿式耜本人也受了一番折磨[96]。撤离桂林时出现的混乱和抢劫，无疑是事实；不过瞿式耜和南明其他一些官僚的记载颇多夸大其词。有的南明史籍更是添油加醋，穷极形象，如说郝永忠于二月二十三日“抢入大内，劫帝于寝被中，舁出城外”[97]；“留守（即瞿式耜）裸体坐署中”[98]。这类谣言显然不可信。